transient cell types
Cortical development
- Outer radial glia
- neurogenesis 끝난 다음에 gliogenesis가 시작됨
- Human susceptibility를 연구하려면 결국 human vs. mouse 차이에 포커스 필요.
Developmental atlas
- pulbic data
- comparison in in vitro
오늘의 주제
- How do human neural stem cells build human brain
- Why are they devastating in brain cancer
96 individual → meta-atlas. Technical variation을 최소화하는 방향으로 데이터 구축하였음.
- 7 dataset collapsed.
- unsupervised clusteirng of cells for each individuals
- Identification of each of the modules within the individual
- cell type specific과 broad 모두 나타남
Identification gene expression signature within each individuals → integrate meta-module?
- Gene expression signature를 확인 → 각각 cluster마다. 그리고 module화하였다.
- Meta-module → gene netwroks 비슷하게 기능적으로 연관된 유전자들의 집합인가
- Gene expression signature라는 것이 무엇일까 → 우리 atlas 분석에서도 이걸 활용 가능?
이후 분석 → meta-module을 가지고 cell type specificity 등을 scoring하여 비교
-
Adult vs developmental module 만들고자 함
- adult atlas도 만듦 → 그 다음에 module 만듦
- adult와 developmental module이 다름
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Developmental cell types들이 adult 보다 더 cell type variation이 컸다?
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질문) 여기서 모듈이 어떻게 구축된것일까? WGCNA같은 접근으로?
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구체적인 분석: Module 20 and FEZF2
- FEZF2 in deep layer neurons
- 문헌조사, 그리고 activity level을 이용하여 FEZF2가 다른 autism 유전자들을 조절할 것이라고 생각함
- timing과 evolution에 큰 영향을 줄 것으로 생각이 되며,
- TSZH3에도 큰 영향을 줄 것이다.
FEZF2 → mouse vs. human 다르고, timing이 evolution에 큰 영향 미치는 유전자로 생각됨.
shRNA perturbation → hairpin 감염시켜서 감염된 cell들을 sort out해서 분석.
FEZF2 → TSZH3의 epxression으로 immature neruon이 deep layer neurond으로 maturation
- Chromatin accessibility
- FEZF2는 activity 없음
- TSZH3 은 매우 큼
- 따라서 역할이 다르다고 함 + 순서
- TSZH3는 FEZF2의 chromatin accessibility가 필요했던 것으로 보아 FEZF2가 TSZH3를 activation?
- https://github.com/BhaduriLab/dev-ctx-meta-atlas